Na počátku třetihor panovalo na našem území ve srovnání s dneškem poměrně teplé, subtropické klima. Postupně se však ochlazovalo a klima se vysušovalo jak z důvodu globálního ochlazování, tak i z důvodu konečného ústupu moře z blízkosti Českého masivu. S nástupem ochlazení na území panovalo poměrně vlhké mírné podnebí v interglaciálech a suché, chladné kontinentální klima tzv. periglaciální oblasti v glaciálech. Tímto termínem se označuje oblast, kde se silně projevují vlivy kontinentálních ledovců, ale oblast samotná ledovcem pokrytá není.[39]

Na území České republiky se projevoval vliv skandinávského ledovce nacházejícího se severně od pohraničních pohoří, který v některých glaciálech pronikal až do okrajových oblastí dnešní republiky, a menšího kontinentálního ledovce pokrývajícího Alpy. O tom, jak vypadala zdejší krajina, se vedou diskuse. Dříve se předpokládalo, že v průběhu glaciálů zde převažovalo životní prostředí obdobné dnešní sibiřské bezlesé tundře s chudou, mrazuvzdornou vegetací. Na základě pylových analýz a dalších výzkumů však tento předpoklad dostává trhliny. Minimálně během posledního glaciálu vypadala zdejší krajina mnohem pestřeji. Předpokládá se, že zde zůstávala útočiště (refugia) s teplomilnější flórou, zejména některými druhy dřevin. Pylové diagramy naznačují, že česká krajina se minimálně během posledního glaciálu vyznačovala mimořádnou diverzitou různých stanovišť od otevřenější krajiny až k lesu podobnému sibiřské tajze. Analogie s dnes existujícími severskými biotopy většinou selhává, jelikož obdobnou krajinu v současnosti na Zemi těžko najdeme.[41]

PŘÍČINA NEZNÁMÁ

Proč se ochladilo, a to až do té míry, že došlo k ledovým dobám, zatím nevíme. Vědci vyslovili mnoho domněnek, ale která je správná, o tom stále diskutují. Mohla to být změna směru Golfského proudu, kolísající obsah CO 2 v atmosféře, cyklické změny sklonu zemské osy nebo změna tvaru eliptické dráhy, po níž obíhá Země okolo Slunce. Ale mohly to způsobit i tektonické pohyby a zdvihání pevnin nebo intenzivní sopečná činnost. Každý z těchto jevů sám o sobě stejně jako jejich kombinace mohly být příčinou snížení průměrné teploty ovzduší a následného zalednění Země.Jinak vypadala Evropa v dobách meziledových. Tehdy se průměrná teplota pohybovala na dnešní úrovni a někdy dokonce byla i o 2 až 3 °C vyšší. Naši současnost, kterou z hlediska geologického času řadíme do mladších čtvrtohor (holocénu), označujeme jako dobu poledovou (postglaciál) a považujeme ji za období teplé. Geologové zpočátku rozlišovali čtyři ledové doby, které pojmenovali günz, mindel, riss a würm. Později přidali pátou, nazvanou donau. V detailnějším dělení dnes někteří odborníci rozlišují až jedenáct period výrazného celosvětového ochlazení.